长期以来，水土流失综合防治一直是水利系统工作的重点和抓手。北京市山区面积占到三分之二，山高坡陡，地貌复杂，水土流失比较严重。自上世纪80年代起，不断探索适于我市水土资源特点、与社会经济环境变化协同发展的水土流失综合防治技术体系，并在全国率先提出了以三道防线为核心的生态清洁小流域建设新思路和新方法，旨在以小流域为单元，以清水下山、净水入库为目标，推动小流域山水林田湖和村庄一体化治理，经过十多年实践，取得良好效果，并带动了全国生态清洁小流域建设，也为我市进一步推动山水林田湖草系统保护与治理、首都生态空间品质提升奠定了坚实基础。

      北部燕山花岗岩山区：对小流域按照远山（封山育林）——近山（水平条、鱼鳞坑、果树梯田）——坡脚（水平梯田+经济林/牧草）——沟道（谷坊）的体系配置拦、蓄、灌、排的防护措施，实施山、水、林、田、路综合治理，代表流域有庄户沟、汉家川小流域等。

      西部太行山石灰岩山区：重点针对灰岩干旱冷凉地区，以优化多年生植物为核心，采用“山水林田路综合治理、林粮草间作、种养加集合、产供销配套”等措施，改善小流域生态系统，代表流域有门头沟东西马涧、苇甸沟及房山蒲洼等。

      浅山丘陵区：构建分水岭防护体系（以水源涵养林为主，辅以道路、堤埂、水土保持防护林）——沟坡防护体系（缓坡修梯田、陡坡造林种草）——沟谷防护体系（谷坊、山洪疏导、沟道水土保持林），开展了石匣小流域为代表的综合治理。

      2010年以来，将近自然治河新理念融入生态清洁小流域建设系统中，在延庆下水沟等7条河沟道示范性开展了小型水体修复工作，以恢复水体生态功能为目标，开发与整合了防洪空间扩展、河流连通性恢复、河流水文地貌修复、休闲亲水条件改善等系列河流生态修复技术体系，从生态意义上真正实现了河流保护与合理利用，对北京市水源保护与生态环境建设发挥了积极作用。